L'étude du fonctionnement des écosystèmes forestiers a fait l'objet d'une demande forte dans les années 1980, alors qu’un dépérissement forestier important semblait menacer la forêt française et européenne. La demande la plus forte portait sur les cycles biogéochimiques à l’échelle du peuplement et du bassin versant, les dépôts atmosphériques étant supposés jouer un rôle important dans les dépérissements affectant plus particulièrement les conifères en montagne et dans l’acidification des cours observés dans les Vosges et les Ardennes.
Sur le plan politique, ce constat s'est traduit par deux résolutions prises lors de la première conférence ministérielle pour la protection des forêts en Europe, à Strasbourg en 1990. La première résolution (S1) portait sur la création d'un double réseau (systématique et intensif) de placettes de suivi des écosystèmes forestiers, la seconde (S6) concernait la création d'un réseau européen de recherche sur les écosystèmes forestiers et la mise en place de coordinations nationales sur le sujet.
Conformément à l'engagement pris à Strasbourg, la France a mis en place en 1992 le réseau RENECOFOR, constitué d’une centaine de placettes permanentes, réparties dans les principaux types de forêts françaises et destinées à cerner l'évolution d'écosystèmes «représentatifs» à travers un certain nombre de variables d'état et de quelques variables dynamiques (principalement flux d’éléments minéraux).
Au cours des années 1990, les préoccupations liées au changement climatique et à l'accroissement du carbone atmosphérique ont pris une place croissante et ont relégué en arrière-plan les préoccupations liées aux « pluies acides ». La recherche européenne s’est alors structurée pour évaluer la contribution potentielle de la forêt – et plus récemment des autres écosystèmes terrestres – au stockage de carbone, alors que la recherche sur l'impact de ces modifications de l'environnement sur le fonctionnement de la forêt l’est encore moins.
De façon plus générale, la volonté de conduire une gestion durable de la forêt met l'accent sur une meilleure connaissance des contraintes qui pèsent sur le fonctionnement des écosystèmes forestiers et sur la définition de règles de gestion qui maintiennent ce fonctionnement ou le restaurent.
Les études qui se sont développées au cours des années 1990 ont largement fait appel à des observations in situ, qui visaient à analyser le fonctionnement de l'écosystème et à en caractériser les différentes composantes et processus. La lourdeur de l'instrumentation et les coûts élevés expliquent que ces observations ne sont conduites que sur quelques dizaines de sites dans toute l’Europe. Le double caractère d'instrumentation et de rassemblement pluridisciplinaire nous fait qualifier ces lieux d'observation de sites-ateliers.
Le GIP ECOFOR, créé en mars 1993, a parmi ses missions centrales le développement de recherches fondamentales et appliquées sur le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes forestiers, ainsi que sur leur évolution sous l'influence des facteurs naturels et anthropiques. Le développement de sites-ateliers, qui favorisent les coopérations et les complémentarités entre les équipes fait partie des préoccupations centrales d’ECOFOR dès ses débuts. La thématique des sites-ateliers est soutenue depuis le milieu des années 1990 par le GIP ECOFOR.
Le SOERE est à présent constitué de 15 sites-ateliers et des réseau RENECOFOR et GUYAFOR. Beaucoup de ces dispositifs préexistaient à la création de l’ORE puis du SOERE; chaque dispositif a donc une histoire et une dynamique propre. En outre, ces dispositifs s’insèrent dans des contextes variables ; si certains dispositifs sont nés avant tout de la volonté d’un groupe de chercheurs visant à répondre à des hypothèses scientifiques spécifiques, d’autres se sont inscrits d’emblée dans des réseaux internationaux de recherche (exemple des tours de mesure de flux de carbone du réseau EUROFLUX), et d’autres enfin se sont développés dans le contexte contraint du suivi (« monitoring ») des écosystèmes forestiers en Europe ; c’est le cas de RENECOFOR qui répond à un cadre réglementaire.