L’utilisation des mécanismes de développement propre pour le financement d’un certain nombre de projets de  » puits de carbone  » dans le secteur forestier pose des problèmes méthodologiques d’évaluation liés aux conditions restrictives  » d’additionnalité  » (additionality) et de  » déperdition  » (leakage) mentionnés dans le protocole de Kyoto.
Ces strictes conditions d’éligibilité font apparaître tous les enjeux attachés à la construction de  » scénarios de référence  » spécifiques par zones géographiques et par type de projets. De l’orientation des développements méthodologiques dépendra le champ d’application des MDP. Les mécanismes de développement propre risquent, par ailleurs, de concentrer les transferts de fonds sur des projets maximisant le stockage de CO2 (plantations industrielles).
Ceci peut se faire au détriment de projets plus structurants dans le domaine énergétique pour éviter la dérive à long terme des émissions ; dans le domaine forestier ou agroforestier il peut évincer des projets  » à dividendes multiples « , entraînant des conflits entre plusieurs objectifs environnementaux (notamment avec l’objectif de conservation de la biodiversité). Ceci motive la recherche de mécanismes de financement et de sélection des projets permettant aux PED d’utiliser les MDP pour la réalisation de leurs objectifs nationaux de développement durable.

Dans la même perspective, la recherche des possibilités d’articulation et de combinaison d’instruments incitatifs pour le développement durable (fonds GEF/FFEM destinés à couvrir les  » coûts incrémentaux « , fiscalité environnementale, …) vise à concilier plusieurs objectifs environnementaux et de développement.